La zamacueca, origen de la cueca chilena, habría llegado a Chile procedente del Perú entre 1824-1825, según el músico y compositor chileno de la época, José Zapiola Cortés. Luego, hacia el final de la guerra contra la Confederación Perú-Boliviana (1839), junto con las tropas chilenas del Ejército Unido Restaurador, el baile volvió al Perú con el nombre de "chilena", confundiéndose en parte con la ya existente zamacueca, que había permanecido en el país y que poco a poco fue cambiando gracias a los nuevos ritmos de esa época. Mientras que en la costa norte del Perú el baile se convirtió en algo simple, en Lima el baile se estilizó y tomó mucho más de la clase de bailes de salón.
Antes de la Guerra del Pacífico, el baile era conocido con diversos nombres, como señala Abelardo Gamarra Rondó en su artículo El baile nacional de su libro "Rasgos de pluma", como, por ejemplo, el baile del pañuelito, mozamala y zamacueca. Sin embargo, hasta 1879, año del inicio de la guerra, su nombre más generalizado era "la chilena". Durante la época de la Guerra del Pacífico, la entonces "chilena" fue rebautizada, por iniciativa del mismo Gamarra, apodado "El Tunante", como "marinera", "baile de marinería" o "baile de la Marinera", en homenaje a Miguel Grau y a la Marina de Guerra del Perú. La primera marinera compuesta por "El Tunante" fue escrita en marzo de 1879 y se llamó "La Antofagasta", puerto boliviano ocupado por Chile en esos días, según indica Julio Rojas Melgarejo.
La marinera, durante la Guerra del Pacífico, brindó homenaje a Miguel Grau y su monitor Huáscar de la armada peruana, consagrándose definitivamente como "marinera" . Estuvo también presente en la guerra civil entre Nicolás de Piérola y Andrés Avelino Cáceres que culminó en 1895.
La primera marinera compuesta para ser cantada y acompañada con piano se creó en 1893 con el nombre de "Concha de Perla", letra de José Alvarado "Alvaradito" y música de "El Tunante".
